Der Klärprozess besteht darin, die Olivenpaste in Öl, Fruchtsaft und Trester zu trennen. Dies kann in zwei bzw. in drei Phasen durchgeführt werden.
Beim 2-Phasen-Klärungsprozess gewinnt man den "Alperujo". Bei dieser Art von Prozess erfordert der Absatzbehälter keinen Wasserzusatz, womit Trinkwasser und Energie gespart werden können. Dafür gewinnt man jedoch einen sehr feuchten, schwer zu manipulierenden Trester. Beim 3-Phasen-Klärprozess weist der erzeugte Trester eine ungefähre Feuchtigkeit von 50% auf, was einen Warmwasserzusatz erfordert und hingegen zu einem trockenen und einfach zu manipulierenden Trester führt.
Der aus dem Absatzbehälter gewonnene Trester wird in einem Schwingfilter gesammelt, während das Öl und der Fruchtsaft vibrierende Siebe durchlaufen, die die soliden Flugpartikel zurückhalten. Das gewonnene Öl wird mittels einer Pumpe vom Schwingfilter über eine senkrechte Zentrifuge zur automatischen Reinigung transportiert, wo das Öl durch die Schleuderkraft gereinigt und von Feuchtigkeit, feinen Partikeln und Unreinheiten befreit wird; hier bleibt das Öl gelöst, um in die Einlagerungsdepots umgefüllt zu werden.
Das saubere Olivenöl wird in Tanks aus rostfreiem Stahl gelagert. Um Verderben bzw. Trübungen zu vermeiden, sollten die Depots von einem undurchsichtigen und undurchlässigen Material sein und keine Gerüche absorbieren. Außerdem muss die Temperatur bei 15º C gehalten werden.